Экспозиции естественно-научного музея располагаются на 3-х этажах

1 этаж
	Зал минералогии месторождений В зале 700 образцов из разных типов месторождений.
	Зал систематической коллекции минералов Содержит 1750 образцов, которые представляют 740 минеральных видов.
2 этаж
	Ильменский зал Представляет коллекцию пегматитов, коллекцию минералов и горных пород заповедника. Содержит около 1.5 тыс. образцов.
3 этаж
	Биологический зал Представляет разнообразие растительного и животного мира Ильменского заповедника.